Nella prima metà del XV secolo, i Canonici Regolari di Santa Maria in Porto decisero di costruire un loro monastero nella città di Ravenna, adiacente alla chiesa di Santa Maria in Porto Fuori. Tuttavia, i veneziani imposero che il monastero fosse costruito all'interno delle mura della città. Venne acquistato, quindi, presso la Porta Nuova, all'allora estremità meridionale del centro abitato, un terreno occupato da case, che vennero demolite il 5 agosto 1496.
La costruzione del monastero venne avviata in quello stesso anno per terminare tredici anni più tardi, nel 1509, anche se i canonici vi si insediarono già dal 1503.
Nel 1511 vi dimorò Papa Giulio II durante il suo viaggio in Romagna e, in quello stesso anno, venne presentato dall'architetto ravennate Bernardino Tavella il progetto per la chiesa; la sua costruzione, però, iniziò soltanto nel 1553.
Essa si protrasse nei decenni successivi: la copertura della navata centrale venne realizzata nel 1561, mentre la consacrazione si ebbe il giorno 8 ottobre 1606, da parte dell'arcivescovo di Ravenna e cardinale camerlengo Pietro Aldobrandini.
Nel 1710 venne realizzato il nuovo altare maggiore e, nel 1784, fu ultimata la facciata, opera di Camillo Morigia.
Nel 1797 la chiesa subì gli effetti dell'invasione francese: il santuario, infatti, fu spogliato e depredato ed i monaci vennero espulsi.
La Pinacoteca di Brera conserva "il dipinto, detto anche Pala Portuense" raffigurante "La Vergine in trono con il Bambino, i Santi Anna, Elisabetta, Agostino e il beato Pietro degli Onesti" del pittore Ercole de Roberti. L'anno successivo vennero chiusi sia il monastero, sia la chiesa, che furono adibiti a caserma militare.
Solo nel 1828 il monastero fu riaperto, ma venne definitivamente chiuso nel 1886 a causa delle leggi sulla liquidazione dell'asse ecclesiastico (Regio decreto n. 3036 del 7 luglio 1866), e divenne uno stabilimento dolciario.
Alla fine del XIX secolo, la chiesa di Santa Maria in Porto fu ceduta al clero diocesano, diventando sede parrocchiale.
Acquisì il territorio della soppressa parrocchia che faceva capo alla chiesa di Santa Barbara.
Per iniziativa dell'arcivescovo Vincenzo Moretti (1871-1879) e dei suoi successori il culto della Madonna Greca fu ripristinato. Il 21 aprile 1900, nelle celebrazioni per il suo ottavo centenario, l'immagine della Vergine fu solennemente incoronata.
Colpita da una bomba inesplosa nell'area del coro il 24 luglio 1944, la chiesa è stata in seguito restaurata.
Oggi il monastero è in parte adibito ad abitazione dei monaci dell'Ordine di San Paolo Primo Eremita, che officiano la chiesa tuttora, e in parte è sede della Pinacoteca civica (dal 1972).

Tratto da : wikipedia.org